Великая Отечественная Война (1941 - 1945)
В августе 1941 г. Н.Н. Бурденко назначили главным хирургом Красной армии. Многие сотрудники института ушли на фронт и возглавили нейрохирургические группы в отдельных ротах медицинского усиления, а некоторые из них — хирургическую службу фронтов и армий. Осенью 1941 г., когда над Москвой нависла угроза захвата города, специалисты Института были эвакуированы в тыл. В Казани лечением раненых руководили А.А. Арендт и М.Ю. Рапопорт. В Уфе эвакогоспиталь «Голова» возглавил Б.Г. Егоров. Сам Институт нейрохирургии, хотя в нем осталось всего 6 врачей, продолжал работать в осажденной Москве под руководством Б.Н. Клоссовского. С осени 1942 г., когда в Москву из Казани были переведены А.А. Арендт и М.Ю. Рапопорт, в Институте было организовано отделение на 150 коек для лечения раненых бойцов и командиров Красной армии. Летом 1943 г. в Москву из Уфы вернулся Б.Г. Егоров с группой сотрудников, и клинической базой Института стал.
Здание Института нейрохирургии по адресу 1-й Тверской-Ямской пер., дом 13/5 – памятник, в котором в годы Великой Отечественной Войны располагался 1000-коечный госпиталь 5016 (русский модерн, архитектор А. Ф. Мейснер, 1902 г.)